FEMTO–ST : Électronique, Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies. Unité mixte de recherche rattachée au CNRS, à l’Université de FRANCHE-COMTÉ, à l’Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques et à l’Université de Technologie de Belfort-Montbéliard, et qui réunit 360 chercheurs au sein de 5 départements.

UTINAM : Univers, Transport, Interface, Nanostructures, Atmosphère & environnement, Molécules.
Associe l’UFC et le CNRS et regroupe les compétences des laboratoires d’astrophysique et de l’observatoire de Besançon, de chimie des matériaux interfaces et de physique moléculaire.

FC LAB – Fuel Cell Laboratory
Interface dédiée au système pile à combustible pour les transports terrestres, FC LAB est une collaboration universités – industries – organisations.

IFR 133 - Institut Fédératif de Recherche Ingénierie et biologie cellulaire
Fédère les unités de recherche de l’UFC, et de l’INSeRM en coopération étroite avec le CHU et l’Établissement Français du Sang.

MSH - La Maison des Sciences de l’Homme Claude Nicolas Ledoux
Regroupe 17 équipes de recherche de l’Université de FRANCHE-COMTÉ et de l’Université de Technologie de Belfort-Montbéliard. A pour objectif de fédérer les laboratoires et les équipes de recherche en Sciences de l’Homme et de la Société installés en FRANCHE-COMTÉ.

THEMA - THÉoriser et Modéliser pour Aménager
Associe le CNRS, les universités de FRANCHE-COMTÉ et de Bourgogne et s’intègre aux MSH de ces deux universités. Fédère 4 équipes de recherche thématique.

Cancéropôle Grand Est
Structure associative de droit local, le Cancéropôle du Grand-Est fédère les centres hospitaliers, les centres de lutte contre le cancer, les organismes de recherche, les associations et les collectivités territoriales.