FEMTO–ST : Elektronik, Maschinenbau/Mechanik, Wärmetechnik und Optik – Wissenschaft und Technik.
Diese gemeinschaftliche Forschungseinheit des Nationalen Wissenschaftlichen Forschungszentrums CNRS, der
Universität der FRANCHE-COMTÉ, der Nationalen Hochschule für Maschinenbau und Mikrotechnik (ENSMM) und der Technischen Universität von Belfort-Montbéliard verfügt über 6 Abteilungen, an denen 500 Forscher tätig sind.

UTINAM : Universum, Transport, Schnittstelle, Nanostrukturen, Atmosphäre & Umwelt, Moleküle
Dieses Institut entstand in Zusammenarbeit zwischen der UFC und der CNRS und vereint die Kompetenzen des
Forschungslabors für Astrophysik des Observatoriums von Besançon und die Kompetenzen der Forschungsbereiche Grenzflächenchemie und Molekularphysik.
FC LAB – Fuel Cell Laboratory
Die der Brennstoffzellenforschung für den Landtransport gewidmete Forschungseinheit FC LAB ist ein dreigliedriger Zusammenschluss von Universitäten, Industrie und Institutionen

IFR 133 - Föderatives Forschungsinstitut für Zellbiologie und Biotechnologie
Es vereint die Forschungseinheiten der UFC und INSERM und arbeitet eng mit dem Universitätsklinikum und dem französischen Blutforschungszentrum zusammen.

MSH - La Maison des Sciences de l’Homme Claude Nicolas Ledoux
Dieses interdisziplinäre Forschungszentrum für Geistesund Sozialwissenschaften vereint 17 Forscherteams der
Universität FRANCHE-COMTÉ und der Technischen Universität Belfort-Montbéliard. Ziel des MSH Ledoux ist der Zusammenschluss der Forschungseinrichtungen und Forscherteams des Bereichs Geistes- und Sozialwissenschaften der FRANCHE-COMTÉ.

THEMA - Die Forschungseinrichtung für Raumplanung
Diese gemeinschaftliche Forschungseinrichtung des CNRS und der Universität der FRANCHE-COMTÉ und der
Bourgogne ist Teil der MSH beider Universitäten. 4 Forscherteams widmen sich folgenden chwerpunktbereichen. 

Cancéropôle Grand-Est
Der Cancéropôle du Grand-Est ist ein mit dem Ziel der Krebsbekämpfung als Verein konstituierter Verband örtlichen Rechts von Krankenhauszentren, Krebsbekämpfungszentren, Forschungsinstituten, Vereinigungen und Gebietskörperschaften.