Die Forschungsaktivitäten der FRANCHE-COMTÉ sind stark auf das Ingenieurwesen ausgerichtet (Maschinenbau/Mechanik, Optik, Mikrotechnik), aber auch die Humanwissenschaften und die Biowissenschaften haben ein wichtiges Standbein in der Region. 

In allen Bereichen lässt sich erkennen, dass die Interdisziplinarität eine immer größere Rolle spielt

Die FRANCHE-COMTÉ stellt dabei die Mittel zur Verfügung, die erforderlich sind, um Lösungen für die großen
Herausforderungen der Zukunft zu finden.

Seit 2005 haben folgende 4 Sektoren das Label "pôle de compétitivité" (Kompetenzkern bzw. Kompetenzcluster)
erhalten: Mikrotechnik und Nanotechnologien mit dem "Kompetenzkern Mikrotechnik", Fahrzeugbau, Transport und Mobilität mit dem "Kompetenzkern Fahrzeug der Zukunft", die Kunststoffverarbeitung mit dem "Kompetenzkern Plastipolis" und der Lebensmittelsektor mit dem "Kompetenzkern Vitagora".

Aber auch andere Sektoren sind mit wichtigen Forschungseinrichtungen in der FRANCHE-COMTÉ vertreten. So zum Beispiel das Gesundheitswesen aber auch die Schwerpunktbereiche Umweltschutz, Sozial- und Raumwissenschaft, Klimawissenschaft und die Erforschung von Biomaterialien..

Forschung und Innovation unterliegen einer Dynamik, die einer besonders ausgeprägten territorialen Kooperation zu verdanken ist und einem grundsätzlichen Interesse an überregionaler, europäischer und internationaler Zusammenarbeit.