Les activités de la FRANCHE-COMTÉ ont fortement orienté la recherche vers les sciences pour l’ingénieur : mécanique, optique, microtechniques… Les sciences humaines et les sciences de la vie constituent également une force de la région.

Quels que soient les champs retenus, les activités tendent à se renforcer dans la pluridisciplinarité.
La FRANCHE-COMTÉ se donne les moyens pour tenter de trouver des solutions qui nous permettront de répondre aux grands défis des années à venir.

Depuis 2005, 4 filières ont reçu le label "pôle de compétitivité" : microtechniques et nanotechnologies avec le Pôle des Microtechniques, automobile, transport et mobilités avec le Pôle Véhicule du Futur, plasturgie avec Plastipolis et agroalimentaire avec Vitagora.
D’autres domaines font l’objet d’un travail de recherche accentué en FRANCHE-COMTÉ. C’est le cas de la santé, de l’environnement, des sciences de l’Homme et du territoire, de climatologie et de la valorisation des biomatériaux…

Recherche et innovation s’inscrivent dans une dynamique favorisée par une coopération territoriale forte, toujours prégnante, et une volonté d’ouverture aux coopérations interrégionales, européennes, internationales.